Hizmetler
İki çalışma kolu
Aşağıdaki tablolar kaynak hizmet listesini girdi ve çıktı düzeyinde gösterir. Her satırın yanında kapsam sınırı yazılıdır: bir çıktının ne olduğu kadar ne olmadığı da teklifin parçasıdır.
A · Protein tasarımı ve değerlendirmesi
| Hizmet | Girdi | Çıktı | Kapsam sınırı |
|---|---|---|---|
| De novo bağlayıcı tasarımı | Hedef yapı (PDB) veya UniProt kimliği | Sıralanmış aday dizi kütüphanesi ve kompleks modelleri | Modeller tahmindir; bağlanma ölçümü içermez. |
| Epitop-hedefli tasarım | Hedef ve istenen epitop (yüzeyde bağlanmanın olmasını istediğiniz bölge) veya sıcak nokta | Belirtilen yüzeyi tutan adaylar, rezidü düzeyinde temas haritası | Öngörülen etkileşim, ölçülmüş bağlanma değildir. |
| Protein–protein arayüz analizi | Kompleks yapısı | Bağlanma enerjisi tahmini, gömülü yüzey alanı, paketlenme kalitesi, temas listesi | Enerji tahminleri afinite ölçümü değildir. |
| Paralog seçicilik değerlendirmesi | Hedef ve paralog (hedefe benzeyen akraba proteinler) listesi | Epitop korunma oranı, rezidü düzeyinde fark tablosu | Dizi ve yapı değerlendirmesidir; ölçülmüş seçicilik değildir. |
| Moleküler dinamik kararlılık analizi | Kompleks yapısı | RMSD/RMSF, temas sürekliliği ve simülasyon süresi boyunca kararlılık özeti | Simülasyon penceresi içindeki davranıştır; hücre içi ömür ölçümü değildir. (İddia C10) |
| Mutasyon etkisi tahmini (ΔΔG) | Yapı ve mutasyon listesi | Pozisyon başına kararlılık ve bağlanma etkisi | Tahmindir, ölçüm değildir. |
| Çözünürlük ve agregasyon eğilimi | Dizi veya yapı | Risk bölgeleri haritası, formülasyon notları | Risk tahminidir; deneysel formülasyon sonucu değildir. |
| Antikor/nanobody modelleme ve epitop haritalama | Dizi veya yapı | Model, tahmini epitop, arayüz analizi | Model ve tahmini epitop etiketleri korunur. |
| Deneysel tasarım danışmanlığı | Aday listesi | Hangi adayların hangi sırayla ve hangi formatta test edileceği | Deneyin yürütülmesi bu kalemin içinde değildir; danışmanlıktır. |
Ayrıntılı sayfa: protein tasarımı →
B · Yapı temelli küçük molekül çalışmaları
| Hizmet | Girdi | Çıktı | Kapsam sınırı |
|---|---|---|---|
| Moleküler docking | Hedef yapı ve bileşik listesi | Sıralanmış pozlar, skor tablosu, etkileşim parmak izleri | Docking skoru serbest bağlanma enerjisi değildir. |
| Bağlanma bölgesi ve druggability analizi | Hedef yapı | Cep tanımlaması, hacim, druggability değerlendirmesi, sıcak nokta haritası | — |
| Sanal tarama ile hit keşfi | Hedef yapı ve kütüphane tercihi | Filtrelenmiş ve sıralanmış hit listesi, çeşitlilik kümelemesi | Filtreleme ve sıralama çıktısıdır; fiziksel hit garantisi yoktur. |
| Yapı temelli optimizasyon desteği | Hedef ve başlangıç bileşiği | Analog önerileri, etkileşim temelli gerekçe | — |
Dış laboratuvar
Dış laboratuvarla koordine edilen kalemler
Bu işler hizmet alımıyla yürütülür; sağlayıcı ve kapsam tekliften önce yazılı olarak bildirilir. Laboratuvarı kendimiz işletiyormuş gibi anlatmıyoruz.
| Hizmet | Girdi | Çıktı | Kapsam sınırı |
|---|---|---|---|
| Deneysel bağlanma ölçümü (BLI/SPR) | Seçilen aday listesi | Ölçülmüş bağlanma verisi veya bağlanma sınıflandırması | Tanımlı bir dış laboratuvardan hizmet alımıyla koordine edilir; sağlayıcı teklifte yazılır. |
| Rekombinant protein üretimi | Aday dizileri | Üretilmiş protein ve verim bilgisi | Dış laboratuvar kalemi; kapsam ve maliyet teklifte ayrı satır. |
| ADMET profilleme | Bileşik listesi | Profilleme raporu | Dış laboratuvar kalemi. |
| Katı form tahmini | Bileşik yapısı | Katı form değerlendirmesi | Dış sağlayıcıyla yürütülür. |
Bu sayfadaki terimler
Konuya yabancıysanız buradan başlayabilirsiniz. Açıklamalar kısa tutuldu.
- hedef
- Üzerinde çalıştığınız protein — etkilemek, bloke etmek veya tanımak istediğiniz molekül.
- bağlayıcı
- Hedefe yapışacak şekilde tasarlanan protein. Anahtar-kilit ilişkisindeki anahtar gibi düşünebilirsiniz.
- epitop
- Hedef proteinin yüzeyinde, bağlanmanın gerçekleşmesini istediğiniz belirli bölge.
- arayüz
- İki proteinin birbirine değdiği yüzey. Tasarımın iyi olup olmadığı büyük ölçüde burada belli olur.
- rezidü
- Protein zincirini oluşturan tek bir amino asit. Zincirdeki tek bir halka gibi.
- paralog
- Hedefe benzeyen akraba protein. Tasarımın yanlışlıkla bunlara da bağlanmaması istenir.
- seçicilik
- Tasarımın hedefe bağlanıp benzer proteinlere bağlanmama becerisi.
- afinite
- İki molekülün birbirine ne kadar sıkı tutunduğu. Ancak laboratuvarda ölçülür, hesapla bulunmaz.
- hesapsal
- Bilgisayarda yapılan çalışma. Deney değildir; hangi adayın denenmeye değer olduğunu gösterir.
- kompleks
- Birbirine bağlanmış iki veya daha fazla molekülün oluşturduğu yapı.
- docking
- Küçük bir molekülün hedefin cebine nasıl oturabileceğini bilgisayarda deneme.
- druggability
- Bir cebin ilaç benzeri bir molekülle hedeflenmeye ne kadar elverişli olduğu.
- sanal tarama
- Çok sayıda bileşiği bilgisayarda eleyip en umut verici olanları öne çıkarma.
- moleküler dinamik
- Yapının zaman içinde nasıl hareket ettiğini simüle etme. Kompleksin dağılıp dağılmadığını gösterir.
- ΔΔG
- Tek bir harf değişikliğinin (mutasyon) proteini daha kararlı mı yoksa daha oynak mı yaptığının tahmini.
- agregasyon
- Protein moleküllerinin birbirine yapışıp kümelenmesi — üretimde sık karşılaşılan bir sorun.
- nanobody
- Normal bir antikordan çok daha küçük, tek zincirli bağlayıcı protein.
- BLI / SPR
- Laboratuvarda bağlanmayı gerçekten ölçen iki yöntem. Hesapsal tahminin doğrulandığı yer burasıdır.
- RMSD / RMSF
- Simülasyon sırasında yapının ne kadar kaydığını (RMSD) ve hangi bölgelerin oynak olduğunu (RMSF) veren ölçüler.
- UniProt
- Protein dizilerinin ve temel bilgilerinin herkese açık veritabanı.
- PDB
- Deneysel olarak çözülmüş protein yapılarının herkese açık veritabanı.
- de novo
- Sıfırdan; elde hazır bir aday veya şablon olmadan tasarlamak.
Hedefinizi kısaca tarif edin, kapsamı birlikte netleştirelim.
İlk mesajda gizli dizi, yayımlanmamış yapı veya hassas dosya göndermeniz istenmez. Teknik ayrıntılar uygun gizlilik süreci sonrasında alınır.