Hizmet kolu A

Protein tasarımı ve değerlendirmesi

Bir hedefe bağlanan yeni bir protein gerekiyor ve elinizde henüz aday yok. Ya da adaylarınız var ama hangisinin test edilmeye değer olduğunu yapısal ölçütlerle görmek istiyorsunuz.

← Tüm hizmetler

Bu çalışmaya uygun projeler

Hedefin deneysel yapısı var ya da güvenilir bir model hazırlanabiliyor.
Tutulmasını istediğiniz yüzey biliniyor ya da yüzey analiziyle belirlenebilir.
Deneysel test kapasitesi sizde var veya dış laboratuvar kalemi eklenebilir.
Yakın paraloglardan ayrışma gereksinimi baştan tanımlanabiliyor.

Bizden başlamamız için gerekenler

Hedefin adı veya UniProt kimliği; varsa PDB kimliği.
İlgilendiğiniz epitop, sıcak nokta veya bölge (biliniyorsa).
Seçicilik gerekiyorsa karşılaştırılacak paralog listesi.
Kaç aday üzerinde çalışılacağına dair beklenti.

Yapılan işler

Hizmet	Girdi	Çıktı	Kapsam sınırı
De novo bağlayıcı tasarımı	Hedef yapı (PDB) veya UniProt kimliği	Sıralanmış aday dizi kütüphanesi ve kompleks modelleri	Modeller tahmindir; bağlanma ölçümü içermez.
Epitop-hedefli tasarım	Hedef ve istenen epitop (yüzeyde bağlanmanın olmasını istediğiniz bölge) veya sıcak nokta	Belirtilen yüzeyi tutan adaylar, rezidü düzeyinde temas haritası	Öngörülen etkileşim, ölçülmüş bağlanma değildir.
Protein–protein arayüz analizi	Kompleks yapısı	Bağlanma enerjisi tahmini, gömülü yüzey alanı, paketlenme kalitesi, temas listesi	Enerji tahminleri afinite ölçümü değildir.
Paralog seçicilik değerlendirmesi	Hedef ve paralog (hedefe benzeyen akraba proteinler) listesi	Epitop korunma oranı, rezidü düzeyinde fark tablosu	Dizi ve yapı değerlendirmesidir; ölçülmüş seçicilik değildir.
Moleküler dinamik kararlılık analizi	Kompleks yapısı	RMSD/RMSF, temas sürekliliği ve simülasyon süresi boyunca kararlılık özeti	Simülasyon penceresi içindeki davranıştır; hücre içi ömür ölçümü değildir. (İddia C10)
Mutasyon etkisi tahmini (ΔΔG)	Yapı ve mutasyon listesi	Pozisyon başına kararlılık ve bağlanma etkisi	Tahmindir, ölçüm değildir.
Çözünürlük ve agregasyon eğilimi	Dizi veya yapı	Risk bölgeleri haritası, formülasyon notları	Risk tahminidir; deneysel formülasyon sonucu değildir.
Antikor/nanobody modelleme ve epitop haritalama	Dizi veya yapı	Model, tahmini epitop, arayüz analizi	Model ve tahmini epitop etiketleri korunur.
Deneysel tasarım danışmanlığı	Aday listesi	Hangi adayların hangi sırayla ve hangi formatta test edileceği	Deneyin yürütülmesi bu kalemin içinde değildir; danışmanlıktır.

Teslimat

Proje sonunda elinize geçen dosyalar

Her dosyanın ne olduğu, neyi göstermediği ve hangi projelerde çıktığı ayrı ayrı yazılı. Bu liste teslim paketinin içeriğidir; bir örnek rapor değildir.

Aday diziler
Her projede
candidates.fasta
Ne içerir
Sıralanmış aday diziler, her biri kimlikli
Neyi göstermez
Sıralama hesapsal ölçütlere göredir; deneysel afinite sıralamasını garanti etmez.
Dosyanın içi nasıl görünür?Biçim örneği
```
>BARNASE_1BRS_A | gosterim dizisi, tasarlanmis aday DEGILDIR
AQVINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNRE
GKLPGKSGRTWREADINYTSGFRNSDRILYSSDWLIYKTTDHYQTFTKIR
```
Gerçek teslimatta her kayıt tasarlanmış bir aday dizisidir ve sıralama bilgisi taşır. Yukarıdaki dizi, biçimi göstermek için 3D gösterimdeki barnaz zincirinden alınmıştır.
Kompleks modelleri
Her projede
complexes/*.pdb
Ne içerir
Her aday için tahmin edilen hedef–bağlayıcı kompleksi
Neyi göstermez
Tahmin edilen yapılardır; deneysel olarak çözülmüş yapı değildir.
Dosyanın içi nasıl görünür?Biçim örneği
```
complexes/
  candidate_001.pdb
  candidate_002.pdb
  ...
  candidate_NNN.pdb
```
Her aday için ayrı bir yapı dosyası. Dosya adları aday kimlikleriyle eşleşir.
Değerlendirme tablosu
Her projede
metrics.csv
Ne içerir
Aday başına arayüz güven skorları, bağlanma enerjisi tahmini, gömülü yüzey alanı, paketlenme kalitesi
Neyi göstermez
Arayüz güven metrikleri ve enerji tahminleri afinite ölçümü değil, tasarım seçiminde güven ölçütüdür.
Dosyanın içi nasıl görünür?Biçim örneği
```
candidate_id,interface_confidence,binding_energy_estimate_kcal_mol,buried_surface_area_A2,packing_quality
<kimlik>,<0-1>,<kcal/mol>,<A^2>,<0-1>
```
Sütun yapısı. Örnek sayı yazılmıyor: uydurma bir metrik değeri, gerçek bir sonuç gibi okunabilir.
Temas listesi
Her projede
interface_contacts.csv
Ne içerir
Rezidü düzeyinde temas listesi, hedef numaralandırmasıyla
Neyi göstermez
Temaslar modelden okunur; deneysel olarak doğrulanmış etkileşim listesi değildir.
Dosyanın içi nasıl görünür?Gerçek örnek
```
target_chain,target_resi,target_resn,target_atom,partner_chain,partner_resi,partner_resn,partner_atom,min_distance_A
A,83,ARG,NH2,D,39,ASP,OD1,2.5
A,83,ARG,O,D,29,TYR,OH,2.65
A,102,HIS,NE2,D,39,ASP,OD2,2.81
A,60,GLU,OE2,D,34,LEU,N,2.84
A,59,ARG,N,D,35,ASP,OD1,2.88
```
Bu satırlar gerçek: PDB 1BRS yapısından 4,5 Å eşiğiyle hesaplandı. Tam dosya 43 satır.
Seçicilik tablosu
Kapsama göre
selectivity.csv
Ne içerir
Belirttiğiniz paraloglara karşı epitop korunma tablosu
Neyi göstermez
Dizi/yapı temelli bir öngörüdür; ölçülmüş seçicilik değildir.
Dosyanın içi nasıl görünür?Biçim örneği
```
candidate_id,paralog,epitope_identity,conserved_positions,differing_positions
<kimlik>,<UniProt>,<0-1>,<liste>,<liste>
```
Sütun yapısı. Hangi paraloglara bakılacağını siz belirlersiniz.
Kararlılık özeti
Kapsama göre
md_summary.pdf
Ne içerir
Seçilen adaylar için RMSD/RMSF ve temas sürekliliği
Neyi göstermez
Kapsama bağlıdır; her pakette ve her aday için üretilmez.
Dosyanın içi nasıl görünür?Biçim örneği
```
1. Simulasyon kurulumu (sure, kosullar, kuvvet alani)
2. RMSD / RMSF egrileri
3. Temas surekliligi tablosu
4. Yorum ve sinirlar
```
Rapor bölümleri. Süre ve koşullar her projede yazılır.
Yöntem raporu
Her projede
report.pdf
Ne içerir
Yöntem özeti, sıralama gerekçesi ve metodolojik sınırlar
Dosyanın içi nasıl görünür?Biçim örneği
```
1. Hedef ve kapsam
2. Yontem ozeti (kullanilan adimlar)
3. Siralama gerekcesi
4. Aday bazinda bulgular
5. Metodolojik sinirlar
```
Rapor bölümleri. "Metodolojik sınırlar" bölümü her raporda yer alır.
Kıyaslama raporu
Kapsama göre
benchmark.pdf
Ne içerir
Küçük molekül çalışmalarında: hedef sınıfı için retrospektif ayırıcılık sonucu
Neyi göstermez
Küçük molekül koluna özgüdür; protein paketinin zorunlu parçası değildir.
Dosyanın içi nasıl görünür?Biçim örneği
```
1. Hedef sinifi ve secilen referans seti
2. Bilinen aktif / yem bilesik ayirici testi
3. Sonuc ve yorum
```
Rapor bölümleri.

Kapsam dışı

Bu kalemler bilerek listeleniyor: teklifte sürpriz olmaması için neyin dahil olmadığını baştan yazıyoruz.

Bağlanmanın deneysel olarak ölçülmesi — ayrı kapsam, dış laboratuvar.
Protein üretimi ve saflaştırma — ayrı kapsam, dış laboratuvar.
Hücre veya hayvan deneyleri.
Bağlanma garantisi veya başarı yüzdesi taahhüdü.
Düzenleyici dosya hazırlığı.

Bu sayfadaki terimler

Konuya yabancıysanız buradan başlayabilirsiniz. Açıklamalar kısa tutuldu.

hedef: Üzerinde çalıştığınız protein — etkilemek, bloke etmek veya tanımak istediğiniz molekül.
bağlayıcı: Hedefe yapışacak şekilde tasarlanan protein. Anahtar-kilit ilişkisindeki anahtar gibi düşünebilirsiniz.
epitop: Hedef proteinin yüzeyinde, bağlanmanın gerçekleşmesini istediğiniz belirli bölge.
arayüz: İki proteinin birbirine değdiği yüzey. Tasarımın iyi olup olmadığı büyük ölçüde burada belli olur.
rezidü: Protein zincirini oluşturan tek bir amino asit. Zincirdeki tek bir halka gibi.
paralog: Hedefe benzeyen akraba protein. Tasarımın yanlışlıkla bunlara da bağlanmaması istenir.
seçicilik: Tasarımın hedefe bağlanıp benzer proteinlere bağlanmama becerisi.
afinite: İki molekülün birbirine ne kadar sıkı tutunduğu. Ancak laboratuvarda ölçülür, hesapla bulunmaz.
hesapsal: Bilgisayarda yapılan çalışma. Deney değildir; hangi adayın denenmeye değer olduğunu gösterir.
kompleks: Birbirine bağlanmış iki veya daha fazla molekülün oluşturduğu yapı.
UniProt: Protein dizilerinin ve temel bilgilerinin herkese açık veritabanı.
PDB: Deneysel olarak çözülmüş protein yapılarının herkese açık veritabanı.
moleküler dinamik: Yapının zaman içinde nasıl hareket ettiğini simüle etme. Kompleksin dağılıp dağılmadığını gösterir.
RMSD / RMSF: Simülasyon sırasında yapının ne kadar kaydığını (RMSD) ve hangi bölgelerin oynak olduğunu (RMSF) veren ölçüler.
ΔΔG: Tek bir harf değişikliğinin (mutasyon) proteini daha kararlı mı yoksa daha oynak mı yaptığının tahmini.
agregasyon: Protein moleküllerinin birbirine yapışıp kümelenmesi — üretimde sık karşılaşılan bir sorun.
nanobody: Normal bir antikordan çok daha küçük, tek zincirli bağlayıcı protein.
de novo: Sıfırdan; elde hazır bir aday veya şablon olmadan tasarlamak.
BLI / SPR: Laboratuvarda bağlanmayı gerçekten ölçen iki yöntem. Hesapsal tahminin doğrulandığı yer burasıdır.

Hedefinizi kısaca tarif edin, kapsamı birlikte netleştirelim.

İlk mesajda gizli dizi, yayımlanmamış yapı veya hassas dosya göndermeniz istenmez. Teknik ayrıntılar uygun gizlilik süreci sonrasında alınır.

Projenizi görüşelim

Protein tasarımı ve değerlendirmesi

Bu çalışmaya uygun projeler

Bizden başlamamız için gerekenler

Yapılan işler

Proje sonunda elinize geçen dosyalar

Aday diziler

Kompleks modelleri

Değerlendirme tablosu

Temas listesi

Seçicilik tablosu

Kararlılık özeti

Yöntem raporu

Kıyaslama raporu

Kapsam dışı

Bu sayfadaki terimler

Hedefinizi kısaca tarif edin, kapsamı birlikte netleştirelim.