Bir skorun ne anlama geldiğini bilmek

Metrikler ve okunma biçimi

Arayüz güven metrikleri

Ne gösterirModelin arayüzü ne kadar tutarlı kurduğunu gösterir. Adayları birbirine göre sıralamak için kullanılır.

Ne göstermezAfinite değildir. Yüksek değer bağlanacağı anlamına gelmez.

Bağlanma enerjisi tahmini

Ne gösterirYapıdan hesaplanan bir tahmindir; hangi adayın öne çıktığını görmek için kullanılır.

Ne göstermezÖlçülmüş serbest bağlanma enerjisi değildir; deneysel değerle doğrudan karşılaştırılmaz.

Gömülü yüzey alanı ve paketlenme kalitesi

Ne gösterirArayüzün büyüklüğü ve geometrik uyumu hakkında bilgi verir.

Ne göstermezTek başına bağlanma gücünü belirlemez.

Rezidü düzeyinde temas listesi

Ne gösterirModel içinde hangi rezidülerin hangi mesafede karşı karşıya geldiğini verir. Eşik ve numaralandırma raporda yazılıdır.

Ne göstermezDeneysel olarak doğrulanmış etkileşim listesi değildir.

Epitop korunma / seçicilik tablosu

Ne gösterirBelirttiğiniz paraloglar arasında yüzeyin ne kadar korunduğunu gösterir.

Ne göstermezÖlçülmüş seçicilik değildir; dizi ve yapı temelli bir öngörüdür.

MD kararlılık özeti

Ne gösterirSimülasyon penceresi boyunca kompleksin geometrisinin ne kadar sabit kaldığını özetler.

Ne göstermezHücre içi ömür ölçümü değildir; süre ve koşullar raporda yazılıdır.

Docking skoru (küçük molekül)

Ne gösterirPozların birbirine göre sıralanmasında kullanılır. Hedef sınıfı için retrospektif ayırıcılık testi ayrıca verilir.

Ne göstermezSerbest bağlanma enerjisi değildir.

Teslimat

Proje sonunda elinize geçen dosyalar

Her dosyanın ne olduğu, neyi göstermediği ve hangi projelerde çıktığı ayrı ayrı yazılı. Bu liste teslim paketinin içeriğidir; bir örnek rapor değildir.

• Aday diziler

  Her projede
  candidates.fasta

  Ne içerir

  Sıralanmış aday diziler, her biri kimlikli

  Neyi göstermez

  Sıralama hesapsal ölçütlere göredir; deneysel afinite sıralamasını garanti etmez.

  Dosyanın içi nasıl görünür?Biçim örneği

  >BARNASE_1BRS_A | gosterim dizisi, tasarlanmis aday DEGILDIR
  AQVINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNRE
  GKLPGKSGRTWREADINYTSGFRNSDRILYSSDWLIYKTTDHYQTFTKIR

  Gerçek teslimatta her kayıt tasarlanmış bir aday dizisidir ve sıralama bilgisi taşır. Yukarıdaki dizi, biçimi göstermek için 3D gösterimdeki barnaz zincirinden alınmıştır.

• Kompleks modelleri

  Her projede
  complexes/*.pdb

  Ne içerir

  Her aday için tahmin edilen hedef–bağlayıcı kompleksi

  Neyi göstermez

  Tahmin edilen yapılardır; deneysel olarak çözülmüş yapı değildir.

  Dosyanın içi nasıl görünür?Biçim örneği

  complexes/
    candidate_001.pdb
    candidate_002.pdb
    ...
    candidate_NNN.pdb

  Her aday için ayrı bir yapı dosyası. Dosya adları aday kimlikleriyle eşleşir.

• Değerlendirme tablosu

  Her projede
  metrics.csv

  Ne içerir

  Aday başına arayüz güven skorları, bağlanma enerjisi tahmini, gömülü yüzey alanı, paketlenme kalitesi

  Neyi göstermez

  Arayüz güven metrikleri ve enerji tahminleri afinite ölçümü değil, tasarım seçiminde güven ölçütüdür.

  Dosyanın içi nasıl görünür?Biçim örneği

  candidate_id,interface_confidence,binding_energy_estimate_kcal_mol,buried_surface_area_A2,packing_quality
  <kimlik>,<0-1>,<kcal/mol>,<A^2>,<0-1>

  Sütun yapısı. Örnek sayı yazılmıyor: uydurma bir metrik değeri, gerçek bir sonuç gibi okunabilir.

• Temas listesi

  Her projede
  interface_contacts.csv

  Ne içerir

  Rezidü düzeyinde temas listesi, hedef numaralandırmasıyla

  Neyi göstermez

  Temaslar modelden okunur; deneysel olarak doğrulanmış etkileşim listesi değildir.

  Dosyanın içi nasıl görünür?Gerçek örnek

  target_chain,target_resi,target_resn,target_atom,partner_chain,partner_resi,partner_resn,partner_atom,min_distance_A
  A,83,ARG,NH2,D,39,ASP,OD1,2.5
  A,83,ARG,O,D,29,TYR,OH,2.65
  A,102,HIS,NE2,D,39,ASP,OD2,2.81
  A,60,GLU,OE2,D,34,LEU,N,2.84
  A,59,ARG,N,D,35,ASP,OD1,2.88

  Bu satırlar gerçek: PDB 1BRS yapısından 4,5 Å eşiğiyle hesaplandı. Tam dosya 43 satır.

• Seçicilik tablosu

  Kapsama göre
  selectivity.csv

  Ne içerir

  Belirttiğiniz paraloglara karşı epitop korunma tablosu

  Neyi göstermez

  Dizi/yapı temelli bir öngörüdür; ölçülmüş seçicilik değildir.

  Dosyanın içi nasıl görünür?Biçim örneği

  candidate_id,paralog,epitope_identity,conserved_positions,differing_positions
  <kimlik>,<UniProt>,<0-1>,<liste>,<liste>

  Sütun yapısı. Hangi paraloglara bakılacağını siz belirlersiniz.

• Kararlılık özeti

  Kapsama göre
  md_summary.pdf

  Ne içerir

  Seçilen adaylar için RMSD/RMSF ve temas sürekliliği

  Neyi göstermez

  Kapsama bağlıdır; her pakette ve her aday için üretilmez.

  Dosyanın içi nasıl görünür?Biçim örneği

  1. Simulasyon kurulumu (sure, kosullar, kuvvet alani)
  2. RMSD / RMSF egrileri
  3. Temas surekliligi tablosu
  4. Yorum ve sinirlar

  Rapor bölümleri. Süre ve koşullar her projede yazılır.

• Yöntem raporu

  Her projede
  report.pdf

  Ne içerir

  Yöntem özeti, sıralama gerekçesi ve metodolojik sınırlar

  Dosyanın içi nasıl görünür?Biçim örneği

  1. Hedef ve kapsam
  2. Yontem ozeti (kullanilan adimlar)
  3. Siralama gerekcesi
  4. Aday bazinda bulgular
  5. Metodolojik sinirlar

  Rapor bölümleri. "Metodolojik sınırlar" bölümü her raporda yer alır.

• Kıyaslama raporu

  Kapsama göre
  benchmark.pdf

  Ne içerir

  Küçük molekül çalışmalarında: hedef sınıfı için retrospektif ayırıcılık sonucu

  Neyi göstermez

  Küçük molekül koluna özgüdür; protein paketinin zorunlu parçası değildir.

  Dosyanın içi nasıl görünür?Biçim örneği

  1. Hedef sinifi ve secilen referans seti
  2. Bilinen aktif / yem bilesik ayirici testi
  3. Sonuc ve yorum

  Rapor bölümleri.